随着CRISPR等基因编辑技术在基因治疗领域的广泛应用，其安全性风险日益受到各国监管机构的高度重视。CRISPR切割产生的双链DNA断裂（DSB）在修复过程中可能导致染色体重排和易位事件，包括大片段缺失、外源DNA插入及染色体易位。美国食品药品监管局（FDA）已明确强调了对染色体重排易位检测的重要性，因为这些事件可能引发严重的不良反应，如基因组不稳定性、遗传疾病风险和治疗失败。

二代测序技术（NGS）在基因组研究中获得了显著进展，但在检测结构变异方面仍存在局限性。由于读取长度短，NGS在复杂基因组结构方面，如大片段插入、缺失及染色体重排的检测中面临挑战。此外，NGS通常难以有效覆盖基因组中的高重复区域或GC含量较高的区域，导致这些区域内的结构变异可能被漏检或误判。因此，二代测序技术在处理复杂变异时的精确性和全面性受到限制。

相比之下，第三代测序技术（TGS）在基因编辑安全性评估中展现出显著优势。南宫28推出的三代WGS全基因组测序平台，专为全面检测基因编辑后的多种结构变异而设计。TGS技术能够提供更长的读取长度，使其在识别复杂结构变异和脱靶效应时表现卓越，能够更好地覆盖高重复区域和复杂基因组区域，从而确保基因编辑的准确性和安全性，充分支持基因治疗产品的监管审批。

三代WGS检测原理：三代WGS全基因组检测SV项目采用先进的长读长测序工艺，确保对结构变异的全面精确检测。首先，利用Covaris® g-TUBE将高分子量基因组DNA打断至适宜长度，控制DNA片段的一致性。接着，通过磁珠富集纯化方法进行损伤修复和末端修复，提高测序的准确性。在DNA片段两端连接专门设计的测序接头后，通过专业设备进行筛选和进一步纯化，确保测序文库的质量。最后，按照严格的文库定量流程，利用特定引物和酶促反应进行高通量测序。

三代WGS检测SV的优势：三代WGS全基因组测序技术在结构变异检测方面具有以下显著优势：（1）全面的检测范围，能够同时检测多种结构变异（SV），如大片段缺失、插入、重复及断点；（2）平均读长超过20kb，能够有效跨越复杂的重复和变异区域，解决传统技术的覆盖限制；（3）高达99%以上的数据比对效率，确保结果的可靠性；（4）超过30X的平均测序深度，能够有效支持低频结构变异的检测；（5）高质量的测序数据保证了分析的准确性与可靠性。

技术互补性：PEM-seq技术由于设计引物较靠近切割位点，可能无法有效检测引物位置的大片段缺失事件。而二代Long-range PCR技术虽能在切割位点远端设计引物，但仍受到PCR扩增和短读长测序的局限。相比之下，三代WGS全基因组测序技术通过提供超长读长和全基因组无偏覆盖，不受引物设计限制，能够全面检测各种结构变异，形成完善的基因编辑安全性评估体系，与PEM-seq等技术形成互补。

服务优势：南宫28在基因编辑安全性评估服务中提供全面的支持，包括：sgRNA脱靶位点的全面预测，体细胞SV的精准检测，以及对结构变异的分类与注释。我们的报告详细记录样本信息、测序数据的质控指标和比对结果，确保数据的可靠性，并提供专业的解读与分析。

技术应用场景：三代WGS全基因组测序技术在多个领域展现出独特价值，包括基因编辑产品的安全性评估、复杂结构变异的研究、以及高级基因组应用。南宫28已成功协助多家企业进行全流程的基因编辑安全性评估服务，支持其产品顺利完成监管申报。

示例报告：南宫28提供的三代WGS分析报告采用标准化格式，确保专业性与完整性。报告详细概述了项目背景、技术原理、流程及生物信息学分析，包含脱靶预测结果及所有SV事件的分类与统计，确保数据的透明与可信。

三代WGS检测服务内容：服务周期为35-45个工作日，支持从sgRNA设计到最终结果分析的一体化服务。

样本要求：所有样本必须符合质量标准，客户可寄送细胞渣样本，数量要求≥2×10^6细胞，需提前与南宫28沟通特殊样本类型。我们致力于为客户提供优质、高效、安全的服务及产品，以支持基因编辑领域的持续创新。